Ζήτησε από τους υπουργούς να παραιτηθούν από τους μισθούς τους, δεδομένου ότι ο λαός υποφέρει από την πείνα και η χώρα βρίσκεται σε κατάσταση ερειπίων.
Στις αρχές Απριλίου, πριν από 190 χρόνια, η 3η Εθνοσυνέλευση των Ελλήνων που συγκλήθηκε στην Τροιζήνα, εξέλεξε ως πρώτο κυβερνήτη της Ελλάδας τον Ιωάννη Καποδίστρια, ύστερα από εισήγηση του Θ. Κολοκοτρώνη και με τη συμφωνία του Γ. Καραϊσκάκη. Αντίθετα, ο ξένος παράγοντας, κυρίως οι Άγγλοι, ήταν αντίθετος. Ο Καποδίστριας υποδέχθηκε στην Ελλάδα ως μεσσίας, γνωρίζοντας ωστόσο ότι θα αντιμετωπίσει σοβαρές προκλήσεις. Ήταν μπροστά σε μια κατεστραμμένη χώρα, που είχε λεηλατηθεί από αιώνες σκλαβιάς, και η αναγέννησή της απαιτούσε θυσίες και αίμα.
Κολοκοτρώνης πρότεινε για κυβερνήτη τον Καποδίστρια και δέχτηκε η Εθνοσυνέλευση
Αντιμετώπισε αναρχία παντού, αυθαιρεσίες στρατιωτικών, κοινωνικές εντάσεις, λαθρεμπορία και λεηλασία του δημόσιου χρήματος, ενώ ο στόλος ήταν ανενεργός. Γνώριζε τις μεγάλες προκλήσεις που είχε μπροστά του και και το γεγονός ότι θα γινόταν στόχος φθόνου, συκοφάντης και συνωμοτών, τόσο Ελλήνων όσο και ξένων. Ωστόσο, έβαλε πάνω από όλα το καθήκον του προς την πατρίδα και εργάστηκε σκληρά γι’ αυτήν.
Στις πρώτες πέντε ημέρες στην Αίγινα, ο Καποδίστριας συνάντησε πολιτικούς και οπλαρχηγούς, παρουσίασε τις απόψεις του οι οποίες έγιναν δεκτές, αλλά προειδοποίησε ότι αν δεν πραγματοποιηθούν οι αναγκαίες αλλαγές, θα εγκαταλείψει τη θέση του. Εξέδωσε άμεσα Κώδικα νόμων, διόρισε αρμοδιότητες και οργάνωσε τη στρατιωτική και ναυτική δύναμη, εστιάζοντας στην τήρηση των νόμων και την εξάλειψη της πειρατείας και της εγκληματικότητας. Ψήφισε το Σύνταγμα της Τροιζήνας το Μάιο του 1827, εισάγοντας τη διάκριση των εξουσιών και αναφέροντας ότι «η κυριαρχία ανήκει στο Έθνος, κάθε εξουσία πηγάζει από αυτό και υπάρχει προς όφελός του». Όμως, λίγες μέρες αργότερα, αναστάληκε η ισχύς του Συντάγματος.
Γάλλος στρατηγός Κάρολος Φαβιέρος
Το καλοκαίρι του 1827, ο Γάλλος στρατηγός Φαβιέρος ανέλαβε την οργάνωση του Στρατού. Το 1829 ιδρύθηκε η Σχολή των Ευελπίδων, ενώ ο Καποδίστριας δημιούργησε τη Λιμενική Αστυνομία, ίδρυσε ένα Ορφανοτροφείο στην Αίγινα για 500 ορφανά των αγωνιστών της Επανάστασης, και προχώρησε σε μέτρα για τη δημόσια υγεία και γεωργία. Ίδρυσε Εκπαιδευτήρια, Μουσική Σχολή, Μουσείο Αρχαιοτήτων με στόχο την καταπολέμηση της αρχαιοκαπηλίας, ενώ δημιούργησε και Τυπογραφείο για την εκτύπωση κρατικών εγγράφων, διδακτικών βιβλίων, εφημερίδων, καθώς και Στατιστική Υπηρεσία, η οποία εκτέλεσε την πρώτη απογραφή πληθυσμού που κατέγραψε 569.000 κατοίκους.
Αναφορικά με την δημοσιονομική πολιτική, ο Καποδίστριας δήλωσε: «Τώρα που ελευθερωθήκαμε, πρέπει να προάγουμε όσο το δυνατόν περισσότερο την οικονομία μας, καθώς μια καλή διαχείριση σημαίνει ένα φωτεινό μέλλον για την πατρίδα». Συμπλήρωσε ότι «δεν προτίθεται να αγγίξει ούτε ένα δραχμή από τα δημόσια χρήματα, εκτός και αν παραμείνει χωρίς πόρους για να καλύψει τα αναγκαία έξοδα για την εκτέλεση των καθηκόντων του. Απορρίπτω κάθε πολυτέλεια και ανέσεις, καθώς η χώρα είναι κατεστραμμένη και ο λαός υποφέρει από πενία. Ό,τι έχω — τη ζωή, την περιουσία, τις φιλίες μου στην Ευρώπη, τα κεφάλαια και τις γνώσεις μου — τα αφιερώνω στην πατρίδα. Ελπίζω όποιοι από εσάς αναλάβετε κυβερνητικά αξιώματα να συνειδητοποιήσετε ότι σε αυτές τις περιπτώσεις, οι δημόσιοι υπάλληλοι δεν μπορούν να αμείβονται με μισθούς ανάλογα με το αξίωμά τους των, αλλά οι μισθοί τους πρέπει να εξαρτώνται από τα χρηματικά μέσα που διαθέτει η Κυβέρνηση».
Ο Καποδίστριας εξέφρασε ιδιαίτερη προτίμηση στους Γάλλους και ψυχρή αδιαφορία για τους Άγγλους, οι οποίοι τον αγνόησαν κατά την επίσκεψή του στο Λονδίνο, όταν διαπίστωσε ότι η ελληνική γη ήταν υποθηκευμένη στους Άγγλους δανειστές. Παρ’ όλα αυτά, αντιμετώπισε σφοδρούς αντιπάλους στην Ελλάδα, με τους δυσαρεστημένους να ενισχύονται και να χρησιμοποιούν τη δημοσιογραφία ως μέσο επίθεσης εναντίον του. Έτσι κυκλοφορούσε και το αμίμητο: «ή μου δίνεις υπουργείο, ή γράφω εφημερίδα…»
Αναφορικά με τους διανοούμενους-«λογιοτάτους», ο Καποδίστριας δήλωσε: «Το πρόβλημα με εσάς τους λογιοτάτους είναι ότι μόλις μάθετε μερικούς κανόνες γραμματικής, ακόμη και στα γερμανικά, και δείτε μερικά βουνά της Ευρώπης, αυτοανακηρύσσεστε δάσκαλοι της Κοινωνίας και νομοθέτες της Πολιτείας. Αλλά αυτά τα πράγματα δεν πρέπει να μπλέκονται: Γραμματική, Κοινωνία και Πολιτεία είναι τρία διαφορετικά πράγματα. Τόσο πολύς είναι ο καπνός που γεμίζει τα μυαλά σας, ώστε δεν καταλαβαίνετε το χάσμα που χωρίζει την Κοινωνία και την Πολιτεία από τη Γραμματική!» Χρειαζόμαστε σήμερα έναν Καποδίστρια;
