«Το πνεύμα του δοξασμένου Αλέξανδρου πέρασε στους κόλπους των ευτυχισμένων ψυχών, συνοδευόμενο από τους τρεις πιστούς ακόλουθους του: τη Σκληρότητα, τη Σιμωνία και τη Λαγνεία». Αυτά έγραψε ο Μακιαβέλι μετά τον θάνατο του Πάπα Αλέξανδρου VI, που διατέλεσε ποντίφικας από το 1492 έως το 1503.
Ως μέλος της οικογένειας των Βοργίων, η οποία έχει σημαδευτεί από σκάνδαλα, όργια, συνωμοσίες και εγκλήματα, θεωρείται ένας από τους πιο διεφθαρμένους παπικούς ηγέτες της Ιστορίας.
Πριν αναλάβει τον θρόνο του Αγίου Πέτρου, ο Αλέξανδρος VI είχε ήδη αποκτήσει τέσσερα παιδιά από την ερωμένη του, Τζοβάνα Κατανέ, τα οποία αναγνώρισε δημόσια. Ανάμεσα τους, η διαβόητη Λουκρητία Βοργία, δούκισσα της Φεράρας, γνωστή για την ομορφιά της, τους σκανδαλώδεις έρωτές της και τις εγκληματικές δραστηριότητες στις οποίες λέγεται ότι συμμετείχε. Συχνά αναφέρεται ότι απέκτησε και άλλα παιδιά από διαφορετικές ερωμένες.
Η φήμη του για ανηθικότητα ενισχύθηκε από τις πολυάριθμες ερωτικές του σχέσεις με γυναίκες και τις περίπλοκες σχέσεις του με την οικογένειά του.
Γνωστός ως Ροντερίκ Λιανσόλ ντε Μπόρτζια, υιοθετήθηκε από τον θείο του, τον Βοργία Κάλλιστο Γ΄, Πάπα από το 1455 έως το 1458.
Εξασφάλισε την εκλογή του δωροδοκώντας καρδιναλίους και τοποθετώντας συγγενείς και φίλους σε θέσεις εξουσίας.
Απέδειξε ότι δεν δίσταζε να εξοντώσει τους αντιπάλους του για να αποκτήσει την περιουσία τους, χρησιμοποιώντας βία και στρατιωτική δύναμη για να εδραιώσει τη θέση του.
Ευθύνεται για τον θάνατο του πολιτικού και θρησκευτικού ηγέτη της Φλωρεντίας, Τζιρόλαμο Σαβοναρόλα, ο οποίος καταδικάστηκε σε θάνατο το 1498 ως αιρετικός και εκτελέστηκε στην Πιάτσα ντελλα Σινιορία της Φλωρεντίας.
Η διαφθορά που χαρακτήριζε τη διάρκεια της θητείας του Αλέξανδρου VI δημιούργησε κλίμα αναταραχής στην Καθολική Εκκλησία, συμβάλλοντας τελικά σε κινήσεις μεταρρύθμισης, όπως η Μεταρρύθμιση του 16ου αιώνα, που ίδρυσε τον Προτεσταντισμό.
Πέθανε κάτω από μυστηριώδεις συνθήκες: ενώ οι επίσημες πηγές μιλούν για ελονοσία, άλλοι ισχυρίζονται ότι κατά τη διάρκεια ενός κοινωνικού γεύματος στο σπίτι του καρδιναλίου Αδριανού του Καστέλλο, ήπιε κατά λάθος δηλητηριασμένο κρασί που προοριζόταν για τον ίδιο τον καρδινάλιο.
Την επόμενη ημέρα του θανάτου του ξέσπασαν ταραχές, με αποτέλεσμα η σορός του να εγκαταλειφθεί στην εκκλησία του Αγίου Πέτρου μέχρι να αρχίσει να αποπνέει δυσοσμία, οπότε και μεταφέρθηκε στα υπόγεια του Βατικανού. Τελικά, θάφτηκε στη Santa Maria di Monserrato, την εκκλησία των Ισπανών στη Ρώμη, και τα λείψανά του μεταφέρθηκαν στον τόπο αναπαύσεως των Πάπας στο τέλος του 19ου αιώνα.
Το 1949, εξέδωσε βούλα με τίτλο «Inter Caetera», η οποία μοίραζε το σύνολο του Νέου Κόσμου που είχε ανακαλύψει ο Χριστόφορος Κολόμβος, μεταξύ Ισπανίας και Πορτογαλίας.
