Κατέχει την 6η θέση στην Ευρώπη ανάμεσα σε 1342 Μουσεία Φυσικής Ιστορίας και την 1η θέση στην Ελλάδα ανάμεσα σε όμοια μουσεία, σύμφωνα με το Tripadvisor. Επίσης, βρίσκεται στην κορυφή των μουσείων της Θεσσαλίας και κατατάσσεται 18ο σε όλες τις κατηγορίες μουσειακών εγκαταστάσεων στην Ελλάδα.
Το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Μετεώρων και το Μουσείο Μανιταριών είναι ανάμεσα στα πιο κορυφαία μουσεία στην Ευρώπη και στην Ελλάδα, σύμφωνα με τον μεγαλύτερο ταξιδιωτικό ιστότοπο TripAdvisor.
Η κατάταξη αυτή βασίζεται στις κριτικές των επισκεπτών που δημοσιεύονται στον ιστότοπο, προσδίδοντας ακόμη μεγαλύτερη αξία στις εν λόγω διακρίσεις.
Έτσι, το Μουσείο Φυσικής Ιστορίας Μετεώρων και το Μουσείο Μανιταριών βρίσκονται στην 6η θέση μεταξύ 1342 Μουσείων Φυσικής Ιστορίας στην Ευρώπη, με την 1η θέση σε παρόμοια μουσεία στην Ελλάδα. Επίσης, είναι πρώτο στη Θεσσαλία και 18ο ανάμεσα σε όλα τα μουσεία στη χώρα, ανεξάρτητα από την κατηγορία (αρχαιολογικά, επιστημών κ.ά.).
Επίσης, σύμφωνα με το βραβείο Travellers’ Choice 2024, που απονεμήθηκε το 2024 από τον ίδιο ιστότοπο, το μουσείο εντάσσεται στο 10% των κορυφαίων δραστηριοτήτων παγκοσμίως.
Ο διευθυντής του Μουσείου, κύριος Νίκος Πάλλας, δήλωσε σχετικά: «Αυτή η αναγνώριση ανήκει σε ολόκληρη την ομάδα του Μουσείου, η οποία με αφοσίωση και πάθος προσφέρει μια εξαιρετική μουσειακή εμπειρία. Είμαστε ευγνώμονες στους επισκέπτες μας για την εμπιστοσύνη και τη στήριξή τους. Το Μουσείο μας θα συνεχίσει να αποτελεί σημείο αναφοράς για την περιοχή, επιδιώκοντας την ενίσχυση του τουρισμού και της εξωστρέφειάς της».